La ubicación geográfica de Panamá, su tamaño, forma, orientación y relieve determinan la distribución temporal y espacial de la lluvia y, por ende, de los caudales así como los rendimientos en las diferentes regiones del país.
Las características geomorfológicas, geológicas y de uso del suelo influyen en la longitud, pendiente y orientación de los cursos de agua así como en la capacidad de retención de las cuencas.
La divisoria continental está constituida por una serie de cadenas montañosas que se extienden de Este a Oeste.
Esta cadena montañosa hace que los ríos corran en dos vertientes: la del Pacífico, que abarca el 70% del territorio nacional, y la del Caribe o Atlántico, que ocupa el 30% restante. En términos generales, los ríos son de recorrido corto y sus cursos están usualmente orientados en dirección normal a las costas.
La longitud media de los ríos de la vertiente del Caribe es de 56 Km con una pendiente media de 2.5% y en la vertiente del Pacífico la longitud media de los ríos es de 106 Km con una pendiente media de 2.27%.
Río Chiriquí: El desarrollo del potencial hidroeléctrico en la cuenca del río Chiriquí en donde hay sitios de derivación de pasada y embalses con regulación estacional, ha ocasionado variaciones significativas en el régimen de los caudales de la cuenca. Para la estimación de los caudales, es necesario considerar los registros de las estaciones hidrológicas y los balances hídricos de algunos de los sitios de derivación.
Río Chagres: La existencia del Canal Interoceánico ha modificado el régimen hidrológico en la cuenca del río Chagres. Los lagos artificiales de Alajuela y Gatún regulan el escurrimiento y permiten la operación por gravedad de las esclusas del Canal, distribuyendo el caudal de la cuenca entre las dos vertientes.
Río Bayano: El embalse del complejo hidroeléctrico Bayano, por su magnitud, tiene una regulación anual y está ubicado en la región este de la ciudad capital. Este ha introducido modificación a la regulación natural de los caudales del río Bayano. Los caudales son estimados por balance hídrico de la central hidroeléctrica y del embalse.
Río Chiriquí Viejo: En la cuenca del río Chiriquí Viejo se ha introducido variaciones en la regulación natural de los caudales debido a la construcción de una serie de centrales hidroeléctricas de pasada que trabajan en cascada. La cuenca está ubicada en la vertiente del océano Pacífico, contigua a la frontera con la república de Costa Rica.
Otros sitios en donde ha habido modificaciones de la regulación de los caudales, aunque a menor escala, son los ríos: El Valle en la provincia de Coclé; Macho de Monte, Piedra y Chico en la provincia de Chiriquí
La magnitud y comportamiento de los caudales en Panamá, está determinada por diversos factores meteorológicos regionales y globales que explican su comportamiento. Entre los factores más comunes y más significativos tenemos los siguientes:
Temporada de Huracanes en el Atlántico: Dependiendo de sus coordenadas y de su magnitud, los huracanes pueden propiciar indirectamente, condiciones de mal tiempo, o por el contrario, propiciar condiciones de buen tiempo. Las lluvias pueden ser tan intensas que en algunas ocasiones causan crecidas en los ríos e inundaciones.
Frentes fríos: Cuando el empuje de aire frío proveniente del norte se desplaza a latitudes cercanas al territorio de Panamá, genera inestabilidad, activando la zona de convergencia intertropical y los sistemas de baja presión, produciendo una gran pluviosidad, grandes crecidas e inundaciones.
Ondas del este: Estas ondas en su recorrido hacia el oeste, cuando están bastante activas, provocan a su paso grandes precipitaciones y a su vez crecidas.
Zona de Convergencia Intertropical (ZCIT): Cuando la ZCIT se encuentra activa, cercana o sobre el territorio de Panamá, es común que la frecuencia de las lluvias se incremente.
Orografía y Vientos Alisios: Es frecuente que los vientos alisios al chocar con las faldas de la cadena de montañas que forman la divisoria continental activen las nubes y propicien la caída de lluvias, principalmente a barlovento.
Lluvias convectivas: Estas se caracterizan por ser muy intensas y de corta duración. Suelen causar crecidas repentinas e inundaciones peligrosas muy localizadas en ríos y quebradas de cuencas pequeñas.
Fenómenos de El Niño y La Niña: Existe una relación bien definida entre la magnitud de los caudales promedios mensuales en Panamá y la ocurrencia de los eventos El Niño y La Niña. Durante el desarrollo de un evento El Niño, en la vertiente del Pacífico se observa una disminución en los caudales y en la vertiente del mar Caribe, un aumento. Lo contrario suele ocurrir durante el desarrollo de un evento La Niña.
Eventualmente, durante la ocurrencia de eventos El Niño, ocurren crecidas extraordinarias en la vertiente del Pacífico, que en algunas ocasiones, por su magnitud, hacen que el promedio de un mes específico supere su valor promedio histórico.
También es importante señalar, que se ha observado que la disminución de caudales durante eventos El Niño es variable. Esta disminución puede ser moderada o puede ser crítica para eventos el Niño clasificados como débil y como moderados. En cambio, para un evento El Niño fuerte, la disminución de los caudales siempre es crítica.
Hay que destacar el caso particular de la cuenca alta del río Chiriquí, en donde se ubica la central hidroeléctrica Fortuna, cuyo comportamiento obedece a las condiciones que se desarrollan en la vertiente del océano Pacífico, pero que además, está expuesta a las condiciones meteorológicas que ocurren en el Caribe. Es por ello que en esta cuenca suelen registrarse caudales por encima del promedio histórico durante el desarrollo de un evento El Niño.